Над организацией «Биг Босс» нависла угроза быть рассекреченной. Ее основатель, в прошлом наемный убийца по имени Солид Снейк, не может допустить этого. Он вместе со своим приемником Казом Миллером отправляется к центру «Омега» — вражескую базу, где держат двоих членов организации Снейка: Чико и Паза. Солид подозревает, что эти двое могут не выдержать допросов и пыток и проболтаться о чрезвычайно важной информации. Это просто недопустимо, поэтому у Снейка и Киза есть очень мало времени, чтобы попасть во вражеский стан и освободить заложников. Добраться до «Омеги» не так-то просто, как кажется, ее руководство прилично позаботилось о секретности и безопасности.